Die Geschichte von Château Branaire-Ducru beginnt im 17. Jahrhundert, im Schlepptau des mächtigen Herzogs von Épernon. Bernard de la Valette, Herzog von Épernon, besass das riesige Gut Beychevelle — dessen Name an den Gruss erinnert, den die Schiffe bei seiner Durchfahrt erweisen mussten, indem sie ihre Segel senkten («baisser voiles»). Bei seinem Tod zwangen ihn seine beträchtlichen Schulden, seinen Besitz der Krone Frankreichs zu überlassen, und aus dieser Auflösung entstand die Parzelle, die zu Branaire-Ducru werden sollte. Im Jahr 1680 kauft Jean-Baptiste Braneyre, ein angesehener Notar aus Bordeaux, die Ländereien zurück und pflanzt die Reben auf den Kieskuppen gegenüber der Gironde.
Seine Nachkommen, die Familie Duluc, liessen das heutige Château um 1824 bauen und gaben dem Weingut seinen ersten offiziellen Namen: Château Branaire. Als Louis und Justin Duluc ohne direkte Erben verschwanden, wurde das Gut von einem nahen Verwandten, Gustave Ducru, aufgekauft, der seinen Namen an Branaire anfügte und damit die endgültige Bezeichnung bildete: Branaire-Ducru. Im Jahr 1855 wurde das Château bei der Klassifikation Napoleons III. für die Pariser Weltausstellung als 4ème Grand Cru Classé de Saint-Julien ausgezeichnet — eine Anerkennung der Qualität seines Terroirs, die die Jahrzehnte überdauern sollte.
Im Laufe des 20. Jahrhunderts wechselte das Gut mehrfach die Besitzer, ohne die visionäre Leitung zu finden, die sein Potenzial hätte ausschöpfen können. Alles ändert sich 1988, als Patrick Maroteaux, ehemaliger Führungskraft aus der Agrar- und Lebensmittelbranche aus Nordfrankreich, das Gut erwirbt und beschliesst, all seine Qualitäten zu wecken. Bereits 1991 trifft er eine Pionierentscheidung: Er stattet das Château mit einem Gravitationscuvier aus, dem ersten seiner Art im Médoc, das das Pumpen der Trauben eliminiert, um ihre aromatische Integrität zu bewahren. Diese damals mutige Innovation gilt heute als ein Grundstein der aktuellen Qualität des Weins. Patrick Maroteaux wird ausserdem Präsident der Union des Grands Crus de Bordeaux (2000–2008) und der AOC Saint-Julien (2004–2017) und avanciert damit zu einem unverzichtbaren Botschafter seiner Appellation.
Im Jahr 2017 übernimmt sein Sohn François-Xavier Maroteaux — nach einem Karrierebeginn in der Finanzwelt und dann bei LVMH — die Leitung des Weinguts. Er umgibt sich mit Jean-Dominique Videau als technischem Direktor und dem Önologen Éric Boissenot als Berater. Im Geiste seines Vaters beginnt er 2019 eine grosse Baustelle, um ein neues, 100% gravitatives Cuvier mit 65 schwebenden Tanks zu bauen — das ehrgeizigste im Médoc in Bezug auf seine Kapazität. Im Jahr 2022 eingeweiht, ermöglicht dieses Cuvier die Vinifikation jedes der 15 Mikro-Terroirs, Rebsorte für Rebsorte, und hebt die parzellenweise Präzision auf ein beispielloses Niveau. Der 2022er Jahrgang, der erste vollständig in diesem neuen Instrument elaborierte, erhält einhelliges Lob der internationalen Kritik: 95–97 Punkte Wine Advocate, 96 James Suckling, 97 Decanter und Jeb Dunnuck — die höchsten Bewertungen in der Geschichte des Châteaus.
