L'histoire de Château Branaire-Ducru débute au XVIIe siècle, dans le sillage du puissant Duc d'Épernon. Bernard de la Valette, duc d'Épernon, possédait l'immense propriété de Beychevelle — dont le nom évoque le salut que les navires devaient faire à son passage en abaissant (« baissant ») leurs voiles. À sa mort, ses dettes considérables le forcèrent à remettre ses biens à la Couronne de France, et c'est de cette dissolution que naquit la parcelle qui allait devenir Branaire-Ducru. En 1680, Jean-Baptiste Braneyre, notaire réputé de Bordeaux, rachète les terres et plante la vigne sur les croupes de graves face à la Gironde.
Ses descendants, la famille Duluc, font construire le château actuel autour de 1824 et donnent au domaine son premier nom officiel : Château Branaire. Lorsque Louis et Justin Duluc disparaissent sans héritier direct, la propriété est rachetée par un proche parent, Gustave Ducru, qui accole son nom à Branaire pour former l'appellation définitive : Branaire-Ducru. En 1855, lors du classement de Napoléon III pour l'Exposition Universelle de Paris, le château est consacré 4ème Grand Cru Classé de Saint-Julien — une reconnaissance de la qualité de son terroir qui traversera les décennies.
Au fil du XXe siècle, le domaine change plusieurs fois de mains, sans trouver la direction visionnaire capable de le hisser à son potentiel. Tout change en 1988 lorsque Patrick Maroteaux, ancien dirigeant du monde agro-alimentaire originaire du nord de la France, acquiert la propriété et décide d'en réveiller tous les atouts. Dès 1991, il prend une décision pionnière : équiper le château d'un cuvier gravitaire, le premier du genre dans le Médoc, éliminant le pompage des raisins pour préserver leur intégrité aromatique. Cette innovation, alors audacieuse, est aujourd'hui reconnue comme une étape fondatrice de la qualité actuelle du vin. Patrick Maroteaux deviendra également président de l'Union des Grands Crus de Bordeaux (2000–2008) et de l'AOC Saint-Julien (2004–2017), faisant de lui un ambassadeur incontournable de son appellation.
En 2017, son fils François-Xavier Maroteaux — après un début de carrière dans la finance puis chez LVMH — prend la suite à la tête du domaine. Il s'entoure de Jean-Dominique Videau comme directeur technique et de l'œnologue Éric Boissenot en conseil. Fidèle à l'esprit pionnier de son père, il engage en 2019 un chantier majeur pour construire un nouveau cuvier 100% gravitaire de 65 cuves suspendues — le plus ambitieux du Médoc par sa capacité. Inauguré en 2022, ce cuvier permet de vinifier chacun des 15 micro-terroirs cépage par cépage, poussant la précision parcellaire à un niveau inédit. Le millésime 2022, premier élaboré intégralement dans ce nouvel outil, reçoit les éloges unanimes de la critique internationale : 95–97 pts Wine Advocate, 96 James Suckling, 97 Decanter et Jeb Dunnuck — les scores les plus élevés de l'histoire du château.
