L'histoire de Château Pontet-Canet commence au début du XVIIIe siècle, lorsque Jean-François de Pontet, après avoir servi comme Grand Écuyer sous Louis XV, revient dans le Médoc et acquiert quelques hectares de terres au lieu-dit Canet, près du bourg de Pauillac. Il plante des vignes, baptise son domaine du double patronyme Pontet-Canet et entame une ascension qui le conduira au classement impérial de 1855.
En moins d'un siècle, le château s'est imposé parmi les références de Pauillac. Classé 5ème Grand Cru lors de l'Exposition universelle de Paris sous Napoléon III, il est racheté dix ans plus tard par la famille Cruze, illustre maison de négoce bordelaise, qui en assure la gestion pendant plus d'un siècle et porte le vignoble à ses 80 hectares actuels, contigus aux parcelles de Mouton Rothschild et d'Armailhac.
En 1975, Guy Tesseron, négociant en Cognac, rachète Pontet-Canet et en confie la direction à son fils Alfred. Assisté depuis 1989 par Jean-Michel Comme, régisseur de talent, et par sa fille Justine qui prépare la relève, Alfred Tesseron va opérer une révolution tranquille : la conversion intégrale du domaine à la viticulture biodynamique. Les traitements chimiques sont abandonnés progressivement, le labour au cheval réintroduit, les préparations biodynamiques appliquées selon les cycles lunaires.
La certification Demeter est obtenue en 2010. Dans la foulée, le domaine expérimente les amphores de béton pour l'élevage, puis renonce progressivement au soufre ajouté. Le résultat est spectaculaire : des notes régulièrement comprises entre 97 et 100 points font aujourd'hui de Pontet-Canet l'un des 5èmes Crus les plus admirés du Médoc, souvent comparé aux Seconds Vins des Premiers Grands Crus.
- ~1720 Jean-François de Pontet, Grand Écuyer de Louis XV, acquiert des terres au lieu-dit Canet et plante les premières vignes du domaine.
- 1855 Classement comme 5ème Grand Cru Classé lors de l'Exposition universelle de Paris sous Napoléon III.
- 1865 Rachat par la famille Cruze, grande maison de négoce bordelaise. Extension du vignoble jusqu'à 80 hectares, contigus à Mouton Rothschild.
- 1975 Guy Tesseron, négociant en Cognac, rachète le domaine. Son fils Alfred prend la direction du château.
- 1989 Arrivée de Jean-Michel Comme comme régisseur, début de la montée en qualité.
- 2004 Premiers essais de labour à cheval et abandon progressif des intrants chimiques. Conversion vers la biodynamie initiée.
- 2010 Certification officielle en agriculture biodynamique (Demeter). Pontet-Canet devient l'un des rares Grands Crus Classés certifiés bio dans le Médoc.
- 2012 Premières expérimentations avec les amphores de béton pour l'élevage. Réduction drastique des soufres ajoutés.
- 2016 Le 2016 obtient 98/100 chez Yves Beck et 19,5 vvPoints — l'un des meilleurs scores de l'histoire du château.
- 2019 Parker attribue 98–100/100 au 2019, consacrant l'ensemble de la démarche biodynamique et la reconnaissance internationale du domaine.

